在拜仁上周1-1战平凯尔特人的欧冠16强附加赛次回合中，主帅孔帕尼在比赛只剩约24秒的时候换上了穆勒，他在上场后也没有任何一次触球。对于这个引起争议的换人决定，德国名宿巴拉克表示孔帕尼当下可能并没有意识到这会造成问题，但他相信穆勒清楚自己的情况以及对球队而言最重要的是晋级。　　对于孔帕尼的这个换人，此前马特乌斯曾用“羞辱人”来形容。而巴拉克首先表示：“当然，这有点不走运，但我不认为孔帕尼当时还有意识去注意到这一点——在那种岌岌可危的情况下。”拜仁当时和凯尔特人1-1战平，必须守住比分才能避免再拖入加时赛。　　巴拉克强调对于拜仁来说，晋级下一轮才是最重要的事情，他也认为：“托马斯肯定也会这么看。我认为重要的是，他要在这支球队中找到自己的角色。”　　即使穆勒连续三场比赛没有出场，他也总是会被要求做好准备。而对于巴拉克来说，这也是一个关于负荷管理的问题：“他已经到了某个年纪，他自己也知道这一点。他不可能再像以前那样承受一周又一周地、每三天一场比赛的负荷了。”　　在周日拜仁4-0法兰克福的比赛中，穆勒首发出场，但这也仅仅是因为当家前锋凯恩此前受伤而暂时担任替补。巴拉克也为穆勒辩护道：“他是一名替补球员，但他对这支球队来说非常、非常地重要。他比其他任何人都更能代表这家俱乐部。他独一无二地象征着拜仁慕尼黑。”　　现在最重要的优先事项是与队友保持竞争，这样一来穆勒也会获得出场时间。巴拉克说道：“孔帕尼在这方面有很好的鉴别能力”，而穆勒也在对阵法兰克福的比赛中证明了这点，巴拉克表示：“因此，这个话题可以结束了。”　　本赛季至今，穆勒出场31次总计1184分钟，并在其中打进5球和助攻4次。